Las naves laterales denominadas Norte y Sur están formadas por ocho capillas de planta cuadrada, abovedadas, con cúpulas rebajadas sobre pechinas y comunicadas entre sí por grandes arcos. Las dos últimas capillas tienen dos inmensos cuadros llamados El Infierno y El Juicio Final. Las otras lucen retablos, todos de estilo churrigueresco. En la Nave Norte encontramos los retablos de San José, El Calvario y San Luis Gonzaga y en la Nave Sur están la capilla de San Estanislao de Kostka, la Capilla de la Inmaculada y La Capilla de La Virgen de Loreto en donde se encuentran los restos de Santa Mariana de Jesús fiel visitante de La Compañía durante toda su vida, Mariana de Jesús Paredes y Flores después de morir a los 26 años de edad, ofreciendo su vida a Dios por el pueblo quiteño, es enterrada a los pies del altar de esta Virgen como siempre fue su deseo.