Los manuscritos están redactados en hebreo y arameo casi en su totalidad, solo con algunos ejemplares en griego. Los primeros siete manuscritos fueron descubiertos accidentalmente por pastores beduinos a finales de 1946, en una cueva en las cercanías de las ruinas de Qumrán, en la orilla noroccidental del mar Muerto. Posteriormente, hasta el año 1956, se encontraron manuscritos en un total de once cuevas de la misma región.

Algunos de estos manuscritos constituyen el testimonio más antiguo del texto bíblico encontrado hasta la fecha. En Qumrán se han descubierto aproximadamente doscientas copias, la mayoría muy fragmentadas, de todos los libros de la Biblia hebrea, con excepción del Libro de Ester (aunque tampoco se han hallado fragmentos de Nehemías, que en la Biblia hebrea forma parte del Libro de Esdras). Del Libro de Isaías se ha encontrado un ejemplar completo.1​

Otra parte de los manuscritos son libros no incluidos en el canon del Tanaj, comentarios, calendarios, oraciones y normas de una comunidad religiosa judía que la mayoría de expertos identifica con los esenios. La mayoría de los manuscritos están hoy en el Museo de Israel y en el Museo Rockefeller (ambos en Jerusalén), así como en el Museo Arqueológico de Jordania (en Amán). Otros pocos se encuentran en la Biblioteca Nacional de Francia (en París), o en manos privadas, como la Colección Schøyen (en Noruega).

En 2020 el Museo de la Biblia de Washington D. C. anuncia que los 16 fragmentos que se hallan en dicho museo son falsificaciones realizadas en el siglo xx. ​Los nuevos hallazgos no ponen en duda los miles de fragmentos reales, la mayoría de los cuales yacen en el Santuario del Libro, parte del Museo de Israel.